История госкорпорации «Росатом» неразрывно связана с историей атомной отрасли России. 26 июня 1953 года постановлением Совета Министров СССР Первое главное управление при Совете Министров СССР, курирующее атомную отрасль, было преобразовано в Министерство среднего машиностроения СССР. Кроме проблемы разработки и испытания ядерного оружия, министерство занималось и проблемами атомной энергетики. Так, уже в 1954 году была запущена первая в мире атомная электростанция, созданная под руководством Игоря Васильевича Курчатова в Обнинске (Калужская область). Развитие атомной отрасли сопровождалось и ростом министерства — в 70—80 годах в его организациях и на предприятиях работало более 1,5 млн человек.
В 1989 году Минсредмаш был объединён с Министерством атомной энергетики в единое Министерство атомной энергетики и промышленности СССР. После распада СССР в 1992 году российская часть министерства была преобразована в Министерство по атомной энергии Российской Федерации, получившее около 80 % предприятий союзного ведомства, в том числе 9 АЭС с 28 энергоблоками. Под этим названием министерство просуществовало до 2004 года, когда указом президента РФ было преобразовано в Федеральное агентство по атомной энергии (Росатом). Его главой был назначен учёный-физик, академик РАН, лауреат Государственной премии СССР Александр Румянцев (занимавший пост министра по атомной энергии с 2001 года). 15 ноября 2005 года на этом посту его сменил Сергей Кириенко. Перед агентством была поставлена масштабная задача — согласно принятой в 2006 году целевой программе «Развитие атомного энергопромышленного комплекса России на 2007—2010 годы и на перспективу до 2015 года» до 2020 в России должно было быть запущено 26 атомных энергоблоков.
1 декабря 2007 года президентом России Владимиром Путиным был подписан закон, согласно которому Федеральное агентство по атомной энергии упразднялось, а его полномочия и активы передавались Государственной корпорации по атомной энергии «Росатом». 12 декабря того же года генеральным директором госкорпорации был назначен Сергей Кириенко. В июле 2008 года была принята программа деятельности Росатома, рассчитанная на долгосрочный период — до 2023 года. Дальнейшему укреплению позиций «Росатома» способствовала передача в его ведение атомного гражданского ледокольного флота России (ФГУП «Атомфлот»).
В 2009 году ядерные технологии были отнесены к приоритетам развития инновационной экономики России. Другим важным направлением развития корпорации стало увеличение влияния на внешних рынках, так в 2011 году почти вдвое было увеличено количество контрактов на строительство АЭС за рубежом. По словам Сергея Кириенко, на конец 2014 года десятилетний портфель заказов госкорпорации «Росатом» за рубежом оценивался более чем в 100 млрд долларов США.
5 октября 2016 года указом президента России Владимиром Путиным Сергей Кириенко назначен на должность Первого заместителя главы администрации президента РФ, а генеральным директором госкорпорации назначен Алексей Лихачёв.
В декабре 2018 года Росатом назначен инфраструктурным оператором Северного морского пути.